Файл: Биоинформатика.docx

Таким образом, из таблицы мы видим, что данный белок (PRDX5) человека наиболее сходен с таким же белком суслика (clustal= 0,084112, общий ранг 2,60) и менее схож с белком угольной рыбы (clustal= 0,24533, общий ранг 18,10).

5. Поиск 3D-моделей белка и сравнение 3D модели PRDX5 человека с непохожей по первичной структуре (крысой).

Для человека:

Для сравнения 3D моделей белка, скачаем их с сайта UniProt. Для человека нам необходимо выбрать 3Dструктуру, которая проверена x-ray и имеет разрешение наименьшее (в Å), т.е нам подходит 3MNG .

Скачиваем 3D структуру и открываем ее с помощью программы Chem3D Ultra 9.0.

Мы видим, что белок состоит из 6

-спиралей и 8 β-слоев.

Для крысы:

Также ищем 3D модели PRDX5 для крысы. И делаем все то же самое, что для человека.

Скачиваем подходящую модель и открываем с помощью программы Chem3D Ultra 9.0.

Белок имеет 18

-спиралей и 24 β-слоев.

6. Определение сайтов связывания

Человек:

На модели белка человека можно выделить специфические сайты связывания, которые можно найти на сайте UniProt.

На картинке мы можем видеть семь специфических центров связывания белка с лигандом: 40(pro), 44(thr), 46(gly), 47(cys), 120(phe), 127(arg), 147(thr).

Выбирая нужные нам сайты связывания, выделяем их на ЗDструктуре в программе Chem3D Ultra 9.0. Нужные сайты выделены черным цветом.

Крыса:

На модели крысиного белка искали те же специфические сайты. Оказалось, что эти сайты идентичны и имеют ту же закономерность, что и у человеческого белка.

Таким образом, крысиный белок имеет специфические сайты на 40(pro), 44(thr), 46(gly), 47(cys), 120(phe), 127(arg), 147(thr) аминокислотных остатках.

7. Определим доверительный интервал

Следовательно, фермент (PRDX5) суслика считается абсолютно схожей с человеком, а фермент угольной рыбы абсолютно непохожей на человека. Доверительный интервал составляет 26,3%.

Вывод

В ходе проделанной работы по сравнению нуклеотидной последовательности фермента пероксиредоксина-5(PRDX5) человека и других животных мы пришли к выводу:

Наиболее сходным организмом к человеку является суслик (на втором месте - галаго).
Следовательно, полученные результаты можно использовать для научных экспериментов и исследований фермента пероксиредоксина-5(PRDX5): изучать ингибиторы/активаторы данного фермента; его строение и функции.
Наиболее несхожим организмом оказалась угольная рыба, затем королевская кобра и хамелеон.
В ходе сравнения 3D-моделей человека и крысы (непохожего животного) было установлено, что сайты связывания идентичны. Они находятся в одинаковых местах нуклеотидной цепи и представлены одними и теми же аминокислотами.