Файл: Гласкер, Дж. Анализ кристаллической структуры.pdf

ВУЗ: Не указан

Категория: Не указан

Дисциплина: Не указана

Добавлен: 18.10.2024

Просмотров: 69

Скачиваний: 0

ВНИМАНИЕ! Если данный файл нарушает Ваши авторские права, то обязательно сообщите нам.

CRYSTAL STRUCTURE

ANALYSIS: A PRIMER

и«учью-то^"'.Ичная

библиотека';1'®0^'"' _3K3EMnjlf7p

- d ^ ^ - o r n ) ЗАЛА

Jenny Pickworth Glusker

The Institute for Cancer Research — Fox Chase,

Philadelphia

Kennelli N. Trueblood

University of California

NEW YORK

OXFORD UNIVERSITY PRESS

LONDON 1972 TORONTO

ДЖ. ГЛАСКЕР, К. ТРУБЛАД

АНАЛИЗ

КРИСТАЛЛИЧЕСКОЙ

СТРУКТУРЫ

Перевод д, английского доктора физ.-мат. наук В. Г. Дантевского

Издательство «Мир» Москва 1974

УДК 543.422.8

 

Л ?

Гос. публичная

 

научно-техническая

 

библиотека СССР

 

ЗКЗЕМПЛГ.Р

 

ЧИТАЛЬНОГО ОА ЛА

Книга представляет собой краткое введение в рент­ геноструктурный анализ монокристаллов. По уровню и

характеру

изложения книга близка к

монографии

П. Уитли

«Определение молекулярной

структуры»

(«Мир», 1970). Несмотря на то, что книга написана весьма лаконично, она содержит практически все сведе­ ния, необходимые для понимания роли и возможностей рентгеноструктурного анализа. Примеров расшифровки структур немного, но они очень показательны.

Книга окажет большую помощь студентам и моло­ дым научным работникам — химикам и физикам.

Редакция литературы по химии

20503-079

Г 041 (01)-74 79-74 © Перевод на русский язык, «Мир», 1974,

ПРЕДИСЛОВИЕ

Данная книга, являющаяся кратким введением в

рентгеноструктурный анализ монокристаллов, адресо­ вана студентам — физикам и химикам, а также ис­ следователям, которые, не собираясь стать специали- стами-кристаллографами, просто хотят получить пред­ ставление о принципах, лежащих в основе определе­ ния кристаллической и молекулярной структуры.

В советской литературе имеется немало пособий по рентгеноструктурному анализу, предназначенных как для научных работников, так и для студентов и аспирантов, специализирующихся в этой области. Од­ нако простого, интересного и современного вводного курса, по-видимому, еще нет, если не считать гл. 6—8 в книге П. Уитли «Определение молекулярной струк­ туры» («Мир», 1970). Книга Дж. Гласкер и К. Трублада, несомненно, значительно глубже преподносит основы структурного анализа и в то же время еще достаточно проста, чтобы быть понятной химикам, не имеющим отчетливого представления о рядах Фурье.

Авторы задались целью показать, почему и каким образом молекулярную структуру можно определить из рентгенограммы монокристалла. Для этого они от­ вечают на следующие вопросы: почему необходимо использовать кристаллы, а не жидкости или газы? Почему нужны рентгеновские лучи, а не какое-либо другое излучение? Какие при этом требуются экспе­ риментальные измерения? Каковы этапы определения типичной структуры? Почему анализ часто оказы­ вается столь длительным и сложным и как можно убедиться в правильности найденной структуры? Хотя эта книга написана очень лаконично, она содер­ жит практически все сведения, необходимые для по­ нимания значения и возможностей рентгеноструктурирг<? анализа, Примеров расшифровки структур


6 Предисловие

приведено немного, но они . весьма показательны. Рисунки и подписи к ним являются неотъемлемой частью текста и способствуют лучшему усвоению материала. Большое удобство для читателей пред­ ставляет и другой вспомогательный материал — список обозначений, подробный терминологический словарь, а также список оригинальных работ, из которых заимствованы приводимые в книге иллю­ страции. Что же касается аннотированной библио­ графии, то в переводе она несколько изменена. В частности, включены ссылки на книги, которые мо­ гут быть полезны советскому читателю и в то же время легко доступны ему.

В заключительной части предисловия обычно при­ нято говорить о недостатках. Мне кажется, что при­ влечение некоторых теоретических представлений, та­ ких, как теория плотной упаковки молекул. в кри­ сталле -и конформационная теория, было бы весьма желательным для любого вводного курса по рентге­ ноструктурному анализу. Эти представления в по­ следние годы широко вошли в практику определения кристаллической и молекулярной структуры. Так, не­ которые исследователи, используя информацию о типе и параметрах элементарной ячейки, ищут опти­ мальную укладку молекул, минимизируя потенциаль­ ную энергию кристалла по положению и ориентации этих молекул. Знание потенциальных функций, опи­ сывающих конформационные состояния молекул, не­ редко оказывают большую помощь при расшифровке структуры таких сложных молекул, как белки и ну­ клеиновые кислоты. Польза от теоретических методов заключается, во-первых, в возможности выбора наи­ более реалистичных пробных структур и, во-вторых, в уменьшении числа варьируемых параметров при уточнении структуры.

В. Дашевский

Тем, кто обучил нас кристаллографии, и особенно Дороти Хочкин, А. Паттерсону, Дж. Стердиванту, Р, Кори и Шомейкеру, а также памяти АСз (the Advisory Council on College Chemistry)

ПРЕДИСЛОВИЕ АВТОРОВ К РУССКОМУ ИЗДАНИЮ

Писать предисловие к переводу нашей книги — большое удовольствие для нас. Оба мы посетили

СССР в 1966 г. и приняли участие в работе VII Меж­ дународного конгресса кристаллографов в Москве, а один из нас (К. Трублад) удостоился чести еще трижды посетить эту страну, включая очень денное и приятное пребывание в лаборатории профессора А. И. Китайгородского в течение двух месяцев в 1965 г. Среди друзей и коллег в те счастливые для нас дни был и наш переводчик д-р В. Г. Дашевский.

Мы предприняли попытку написать введение в

рентгеноструктурный анализ, которое должно оказать пользу не только тем, кто собирается читать более серьезные книги по этой теме, но также и тем, кто просто хочет уяснить основные принципы анализа и понимать (и оценивать) статьи по структурной кри­ сталлографии, которые сейчас публикуются в боль­ шом количестве. В этих статьях приводятся экспери­ ментальные результаты, представляющие интерес для целого ряда дисциплин — химии, биохимии, физики, геологии и других. Мы включили многочисленные ил­ люстрации с подписями, составляющими существен­ ную часть текста, выводы в конце каждой главы, достаточно подробный словарь распространенных тер­ минов, общую аннотированную библиографию и спи­ сок использованных обозначений.

Наша цель заключалась в том, чтобы объяснить, почему и каким образом в результате анализа дифракционных картин, полученных при рассеянии рентгеновских лучей (или нейтронов) на атомах мо­ нокристалла, можно определить полную трехмерную


8 Предисловие авторов к русскому изданию

архитектуру молекулы. Часть I, состоящая из первых четырех глав, касается природы кристаллического состояния, некоторых важных фактов, имеющих отно­ шение к дифракции вообще и особенно к дифракции от кристаллов. Кроме того, в этой части кратко из­ ложены техника и приемы рентгеноструктурного эксперимента. В части II рассмотрены проблемы пре­ образования экспериментальных данных (по направ­ лению и интенсивности дифрагированных пучков) в модель размещения атомов, на которых рассеялись пучки рентгеновских лучей, т. е. проблемы определе­ ния приближенной структуры рассеивающей материи. Часть III касается техники доведения приближенной структуры до той степени точности, которую могут обеспечить экспериментальные данные, а также вклю­ чает краткое описание некоторых дополнительных сведений, которые наряду с полной геометрией струк­ туры можно получить из современного структурного анализа. Большинство математических деталей выне­ сено в приложения.

При написании данной книги большую помощь оказали нам советы многих наших коллег, в частно­ сти Д. Аджея Веко, Елены Берман, Герберта Берн­ стайна, Керол Энн Касчиато, Энн Шомин, Джойс Даргей, Дэвида Айзенберга, Эмилии Мейврик, Уол­ тера Ореховского мл., Джоеля Суссмана и Дэвида Е. Захариаса. Мы благодарны им всем и особенно В. Дашевскому за то, что он взял на себя труд пе­ ревести эту книгу.

Филадельфия

Дженни П.

Гласкер

Лос-Анджелес

Кеннет Н.

Трублад

Июнь 1973 г.

 

 

Д], а2, aj, аг

ПРИНЯТЫЕ ОБОЗНАЧЕНИЯ

— дополнительный неопре­ деленный знак (•+ или —), используемый при аналитическом опреде­ лении фаз в центро­ симметричной струк­ туре;

а— ширина дифракционной щели;

— амплитуды волн, прону­

 

 

мерованных

для

удоб­

 

 

ства

индексами

1,

2

 

 

и

/.

Результирующая

 

 

волна,

получающаяся

в

 

 

результате

суммирова­

 

 

ния

нескольких

волн,

 

 

обозначена

 

индек­

А, В, A (hkl), В (hkl), Aj, Bj

 

сом

г\

 

| F | cos а

 

значения

и

 

 

| F | sin а соответствен-

 

 

' но, т. е. компоненты

 

 

структурного

фактора

 

 

F =

А +

£В.

Нижний

 

 

индекс

 

/'

обозначает

А', В', А", В", Лм . Вм

 

атом у;

 

 

 

 

— значения Л и В,

учиты­

 

 

вающие Д/' (чтобы по­

 

 

лучить

в

результате

А'

 

 

и В'), ДГ и ДГ

(чтобы

 

 

получить А" и В"), а

 

 

также

 

соответствую­

 

 

щие значения для одно­

 

 

го

аномально

рассеи­

 

 

вающего атома (Лм и

 

 

Ям);

осей

элементар­

а, Ь, с — длины

а, Ь, с —

ной ячейки;

 

 

 

векторы

элементарной

 

 

ячейки;

 

 

 

 

а \ 6’ с* — длины

ребер

элементар­

 

 

ной

ячейки

в обратном

 

 

пространстве;

 

 



10

Принятые обозначения

 

 

 

 

 

 

 

 

а*, Ь*. с * -

векторы

элементарной

 

 

 

ячейки в обратном про­

 

а, Ь, с, п,

 

странстве;

скольжения.

 

d — плоскости

 

 

 

Указано ребро, парал­

 

 

 

лельное трансляции;

 

Abs — фактор поглощения;

 

Biso

изотропный

температур­

 

622. Ьзз, b12. 623. b3i, bnjbj

ный фактор;

 

 

 

Ьи

шесть

 

температурных

 

 

 

параметров,

 

представ­

 

 

 

ляющих

изотропное теп­

 

 

 

ловое движение; допол­

 

 

 

нительный индекс / со­

 

 

 

ответствует

атому

/;

 

 

C -

комплексное число С =

 

 

C ' -

=

х +

iy\

 

 

 

 

 

 

величина, комплексно со­

 

 

 

пряженная С, где С* =

 

\ C \ -

=

x — iy;

 

 

 

 

 

модуль

комплексного

 

 

 

числа:

|С | =

(СС*) ,/а=

 

 

 

= № + у*)*;

 

дву­

 

 

d — расстояние

между

 

 

 

мя

 

дифракционными

 

 

 

щелями;

 

 

 

 

 

 

dhkl. d — расстояние

между

пло­

 

 

 

скостями

(hkl)

решетки

 

E, ^н-К’

~

в

кристалле;

 

 

 

 

значения

F с поправкой

 

 

 

на

эффекты

теплового

 

 

 

движения и фактор рас­

 

 

 

сеяния.

Н K = h \

 

 

 

Ьг,

 

— £2,

l\ h\

 

F \hkl),

 

К = /12, кг,

1г\

 

 

 

F — структурный фактор для

 

 

 

отражения

hkl

элемен­

 

 

 

тарной ячейки. Он явля­

 

 

 

ется отношением ампли­

 

 

 

туды волны,

рассеянной

 

 

 

всем

содержимым

эле­

 

 

 

ментарной ячейки, к ам­

 

 

 

плитуде волны, рассеян­

 

 

 

ной одним

электроном.

 

 

 

Структурный

 

фактор

 

 

 

учитывает

также

фазо­

 

 

 

вый

угол

 

рассеянной

 

 

 

волны. F(000) равно пол­

 

 

 

ному

числу

электронов

 

 

 

в

элементарной

ячейке;