ций вблизи глобального минимума, причем это распределение име ет наибольший статистический вес. В противном случае, по мне нию Шерага, априорные расчеты были бы практически безна дежны.
На самом же деле большинство белков после ренатурации вос станавливает далеко не все свои свойства, и если их функцио нальная активность сохраняется, то это не означает, что конфор мация белка осталась неизменной. Например, в работе 1135] пока зано, что во многих белках (аргиназа, гексакиназа, дезоксирибо нуклеаза, химотрипсиноген, уреаза, пепсин, лизоцим и др.) про цесс денатурации развивается в две стадии, первая из которых соответствует повышенной свободе движения боковых радикалов, а вторая — необратимой перестройке структуры белка. Досто верно известно лишь, что один из наиболее спиральных белков — миоглобин — практически полностью восстанавливает все свои физико-химические свойства 1136]. По-видимому, для большин ства белков, в особенности тех, в которых нерегулярные участки велики, характерна утрата тех или иных свойств после ренатура ции, и потому можно предположить, что их нативная структура отвечает метастабильной конформации, устанавливаемой в про цессе синтеза белка на рибосоме.
Означает ли это, что предсказание структуры таких белков — безнадежная задача? Надо думать, что нет, поскольку критерии, найденные на основании исследования взаимодействий соседних пептидных единиц, не только облегчают эту задачу, но могут сде лать ее даже более простой, чем нахождение глобального экстре мума. Мысль о том, что пространственная структура формируется по мере выхода белка с рибосомы, неоднократно высказывалась 1137, 138], а Филлипс [113] умозрительно проследил образование пространственной структуры лизоцима, продвигаясь от N-конца к С-концу цепи. Де Коэн [139] даже попытался применить этот принцип к построению полипептидной цепи и, проведя расчеты с потенциалами Ликвори, нашел, что цепь, состоящая из шести остатков, приобретает вполне устойчивую конформацию, такую, что дальнейшее наращивание пептидных звеньев уже не возмуща ет ее. Таким образом, любой белок в принципе можно было бы сло жить из «замороженных» гексапептидов и тем самым найти его пространственную структуру.
Однако аргументация Де Коэна представляется сомнительной. Как уже было показано, неопределенности, связанные с выбором конформаций отдельных остатков, и «расплывание» на больших расстояниях приводят к тому, что главную роль в формировании пространственной структуры белка начинают играть гидрофоб ные взаимодействия. Если предположить, что только эти взаимо действия формируют пространственную структуру, то для поиска оптимальной конформации необходим совершенно иной критерий. Тогда молекулу белка, грубо говоря, можно представить в виде бус, в которых более или менее случайно разбросаны белые и чер.
